本寺は上杉謙信の家老職にあった某(氏名不詳)の発心により、直江津に寺を建立し、了然寺と号していた。
昭和初年、時の住職により広域教化活動のため東京の現在地に本尊阿弥陀如来とともに了然寺を移した。
昭和20年第二次大戦の空襲により堂宇はすべて焼失したが、本尊の阿弥陀如来は直江津に移してあったのため、難をのがれることができた。
昭和38年には再興なり、再び直江津より本村を将来し、現在に至っている。
当寺は境外墓地として、田無市ひばりが丘団地の向いに墓地がある。